Lietuvoje daugelis interneto bankų naudoja kelių lygių apsaugą. Interneto bankų saugumas užtikrinamas trijų lygių apsaugos sistema. Kiekvienas asmuo sudarydamas internetinės bankininkystės paslaugų sutartį gauna šias priemones, kurios reikalingos jo tapatybei identifikuoti ir mokėjimų operacijoms patvirtinti:
- naudotojo numerį (ID) (tai identifikavimo kodas, įrašytas internetinės bankininkystės sutartyje, kurį sudaro nekeičiamas unikalus ženklų rinkinys ir pagal kurį bankas identifikuoja naudotoją);
- naudotojo slaptažodį (tai slaptažodis, kuris įteikiamas užklijuotame voke ir kurį reikia pakeisti po pirmos sėkmingos registracijos internetinės bankininkystės tinklalapyje);
- kintamas slaptažodis (slaptažodžių kortelė arba generatorius): slaptažodžių kortelę (tai daugkartinio naudojimo plastikinė kortelė su atspausdintais slaptažodžiais (PIN kodais), arba ant popieriaus išspausdinti slaptažodžiai (kai kuriuose bankuose vadinami TAN kodais), kurie suteikiami kiekvienai mokėjimo operacijai; naudotojas jungdamasis prie elektroninės bankininkystės, taip pat patvirtindamas konkrečią mokėjimo operaciją turi įvesti atsitiktinai parinktą slaptažodį iš šios kortelės ar slaptažodžių lentelės);
- slaptažodžių generatorių (tai saugiausia naudotojo tapatybės nustatymo priemonė, užtikrinanti neribotą skirtingų slaptažodžių kiekį; slaptažodžių generatorius naudojamas prisijungiant prie internetinės bankininkystės sistemos ar (ir) patvirtinant mokėjimo operacijas.
Nuo 2019 m. pabaigos Lietuvoje nėra galimybės naudotis slaptažodžių kortele. Vietoje slaptažodžių kortelių, atliekant bankines operacijas, bankai siūlo naudotis elektroniniu parašu, mobiliuoju elektroniniu parašu ar slaptažodžių generatoriumi.
Ryšio saugumui tarp kliento ir banko tinklalapio užtikrinti paprastai naudojamas HTTPS protokolas, paremtas SSL technologija. Ši technologija yra paplitusi visame pasaulyje kaip saugiausia, ją taip pat naudoja ir Lietuvoje veikiantys interneto bankai. Daugiau apie tai skaitykite čia.